Wszystko zaczęło się w roku 1835 – wtedy bowiem zaczęto gromadzić eksponaty z egipskich badań wykopaliskowych. Powiększające się z roku na rok zbiory kilka razy przenoszono, jednak znalezienie odpowiednio okazałego lokum na terenie ówczesnego Kairu okazało się zadaniem niemożliwym do wykonania. W 1893 r. ogłoszono konkurs na projekt gmachu muzeum w centrum Kairu, przy placu Tahrir. Zwyciężył neoklasycystyczny projekt Marcela Dourgona. 15 listopada 1902 r. budynek był ukończony i gotowy na przyjęcie pierwszych gości.

Obecnie Muzeum Kairskie jest posiadaczem największej na świecie kolekcji sztuki egipskiej. W 107 salach zgromadzono ponad 120 tysięcy eksponatów.

W 2014 roku pewien szwedzki dziennikarz odkrył, że Muzem Egipskie można spokojnie zwiedzić z przewodnikiem wydanym w 1964 r. – od tego czasu bowiem ani trochę nie zmieniła się ekspozycja. Ani opisy eksponatów. Mało tego: niektóre kartki z opisami gablot nie zostały zmienione od dnia otwarcia muzeum, czyli od roku 1902.

• W 2008 r. Andre Veldmeijer z Instytutu Niderlandzko-Flamandzkiego w Kairze znalazł w katalogu z lat 50. zdjęcie nienaruszonego wyposażenia rydwanu. Z podpisu wynikało, że jest ono przechowywane w Muzeum Egipskim. Naukowiec natychmiast skontaktował się z władzami obiektu, ale te stwierdziły, że na 100% nie ma u nich tego rodzaju eksponatów. Kilka miesięcy później do Veldmeijera zadzwonił kurator muzeum Ibrahim El Gawad z wiadomością, że owe wyposażenie rydwanu zupełnym przypadkiem odnalazło się w jednej z szuflad w magazynie. Po prostu nikt do niej nie zaglądał od kilkudziesięciu lat.
  
• Licząca ponad 3000 lat złota maska grobowa faraona Tutanchamona to jeden z najcenniejszych i najbardziej znanych eksponatów Muzeum Egipskiego. W 2014 r. doszło do małego skandalu, kiedy podczas jej rutynowego czyszczenia odpadła broda. Standardowo w takich przypadkach uszkodzenie zgłasza się w ministerstwie antyków, żeby sprawą zajęli się profesjonaliści. Jednak tym razem było inaczej… Szefowa zespołu ds. renowacji muzeum, przerażona wizją utraty wpływów z biletów, wpadła w panikę i kazała pracownikom szybko przykleić brodę zwykłym klejem szybkoschnącym. Ci jednak niezbyt przyłożyli się do tego zadania, bo niechcący wysmarowali klejem resztę maski. Następni próbowali „naprawić” wyrządzone szkody szlifując ją papierem ściernym. Jak łatwo się domyślić doprowadziło to do jej dalszych uszkodzeń. Maska nadal jest wystawiana i czeka na profesjonalną renowację. Warto zaznaczyć, że dyrektor muzeum stanął w obronie swoich pracowników i stwierdził, że: „Naprawa została wykonana w miarę prawidłowo, nie ma się co czepiać pracowników, bo przecież nie są to zawodowi stolarze”.
• Na początku 2011 r. podczas rewolucji do Muzeum Egipskiego wdarli się szabrownicy. Skradziono kilkanaście bezcennych eksponatów, a co najmniej 70 przedmiotów zostało zniszczonych. Straty mogły być dużo większe, ale na szczęście złodzieje nie okazali się zawodowcami. Ich uwagę przykuł głównie nowopowstały sklep z pamiątkami. Zrabowano z niego kilka kilogramów sztucznej biżuterii, którą włamywacze omyłkowo wzięli za złoto.
• Najciekawszą, choć niedostępną dla zwiedzających, częścią muzeum są piwnice. Tam bowiem znajdują się magazyny z obiektami, które przywożone są wprost z wykopalisk. Nikt nie zna nawet przybliżonej liczby składowanych tu skarbów starożytności, gdyż z braku funduszy nigdy nie zostały one opisane ani skatalogowane. Ostrożne szacunki mówią o ponad 300 tysiącach eksponatów.